دربخش میکروب شناسی آزمایشگاه پیوند با رعایت شرایط کاملا استریل نمونه برداری از زخم و ضایعات پوستی و نیز نمونه برداری از چشم، گوش، بینی، گلو و سایر نقاط بدن انجام می گردد.درادامه جهت جستجوی عوامل بیماریزا کشت کلیه مایعات وترشحات بدن درشرایط استریل در محیطهای کشت میکروبی اختصاصی و همچنین رنگ آمیزی ها و آزمایشات مستقیم باکتری شناسی انجام می گردد. متعاقب شناسایی و تشخیص عوامل بیماریزا آزمایش آنتی بیوگرام انجام شده و حساسیت عوامل بیماریزا نسبت به آنتی بیوتیک های مختلف بررسی می شود.
بخش میكروب شناسی دارای برنامه‌ی كنترل كیفی براساس الزامات مرجع سلامت و سایراستانداردهای آزمایشگاهی معتبر می باشد كه روزانه توسط مسئول بخش میكروب شناسی ومسئول كنترل كیفی آزمایشگاه اجرا و نظارت می‌گردد.
انجام کنترل کیفی دقیق روزانه همراه با داشتن تخصص و تجربه کافی کارکنان این بخش، جداسازی انواع نمونه های میکروبی، تشخیص صحیح، به موقع و موثر بیماری های عفونی را فراهم نموده است .
آزمایش های قابل انجام در بخش میکروب شناسی
کشت ادرار
این آزمایش برای تشخیص عفونت مجرای ادراری در مبتلایان به دیزوری، تکرار و اضطرار در دفع ادرار مورد استفاده قرار می گیرد. در زنان و مردان عفونت مجرای ادراری ممکن است بدون علامت، حاد و یا مزمن باشد. عامل عفونت در بیشتر موارد باسیل های روده ای به ویژه E.coli، گونه های پروتئوس و انتروکوک ها می باشد. در ده درصد عفونت ها ممکن است دو باکتری عامل عفونت باشند. وجود بیش از سه نوع باکتری در کشت نشانگر عدم جمع آوری صحیح نمونه و آلودگی است.
کشت مدفوع
کشت مدفوع برای بیماران دچار اسهال شدید، تب و نفخ شکمی درخواست می شود. به طور طبیعی مدفوع حاوی باکتری و قارچ زیادی می باشد. ولی باکتری های نظیر سالمونلا، شیگلا، کمپیلوباکتر، یرسینیا، اشریشیاکلی و استافیلوکوک برای روده بیماریزا هستند.
کشت خون
هنگامی که سرعت تکثیر باکتری ها به حدی برسد که سیستم رتیکولواندوتلیال نتواند آن ها را از بدن حذف کند باکتریمی ایجاد می شود. با کتری ها به طور عمده از مناطق خارج عروقی و از طریق عروق لنفاتیک وارد خون می شوند. به طور طبیعی ماکروفاژهای ثابت کبد و طحال بعد از چند دقیقه تا چند ساعت باکتری ها را از جریان خون حذف می کنند و لی گاهی تعداد باکتری ها از حد توانایی سیستم فراتر می رود و سپتی سمی رخ می دهد. کشت خون می تواند در درمان این عفونت های کشنده کمک کننده باشد.
کشت خلط
کشت خلط برای تعیین وجود باکتری بیماری زا در مبتلایان به عفونت های تنفسی مانند پنومونی انجام می شود.
کشت زخم
کشت زخم برای تشخیص وجود عوامل بیماریزا در بیماران مشکوک به عفونت زخم انجام می شود. عفونت های زخم اغلب بوسیله ارگانیسم های چرکزا بوجود می آیند، که ممکن است باکتریایی، قارچی یا انگلی باشند.
وظایف بخش میکروب شناسی